Colonel John Sheppard
Sheppard se présente la plupart du temps comme un charmeur, quelqu'un d'agréable et de sociable. Il aime les enfants, le football et les fêtes foraines ( ?). Parallèlement il assume ses fonctions d'officier le plus haut gradé avec efficacité et rigueur. Face au danger, il retrouve ses instincts militaires, mais laisse le plus souvent le bon sens et l'éthique guider ses décisions.
Sheppard aime à se faire passer pour plus bête qu'il n'est, mais en réalité sous ses airs dégingandés se cache un petit génie des mathématiques !
Enfin, dernière particularité, Sheppard est un des rares membres de la colonie Atlantis, à être porteur du gène des anciens. Il lui est ainsi possible, non seulement d'initialiser, mais aussi de faire fonctionner toutes les merveilles technologiques laissées par les Anciens. Contrairement au Docteur Carson Beckett, porteur lui aussi du gène, il possède une aisance naturelle, lorsqu'il s'agit d'utiliser celui-ci.
Rodney Mc Kay
Après avoir travaillé pour le Pentagone, en Russie puis sur la base découverte par l'équipe SG1 en Antarctique, il intègre l'équipe Atlantis à la tête de l'équipe scientifique.
Au début de la série, il ne possède pas le gène Ancien mais se le fait inoculer avec succès dès le troisième épisode : il peut ainsi agir sur les appareils anciens (mais moins efficacement que le Major Sheppard ou le Docteur Carson Beckett), ce qui lui simplifie sa tâche.
Célèbre parmi ses collègues pour ses réparties acerbes et sarcastiques, McKay est arrogant et hypocondriaque, mais face au danger il se révèle plus courageux que ne laisse présager son comportement.
McKay souffre d'hypoglycémie chronique et est allergique au citron. Il a appris à jouer au Piano lorsqu'il était enfant, mais a arrêté parce qu'il n'était pas assez bon.
Teyla Emmagan
Teyla est la chef des Athosiens depuis la mort de son père Tagan Emmagan. Son peuple fut rencontré par les Terriens d'Atlantis peu après leur arrivée dans la galaxie de Pégasus. Elle a vite été séduite par ces étrangers et n'a pas hésité à les rejoindre quand son peuple s'est retrouvé sans planète et qu'il a été invité à venir séjourner dans la cité. Elle est donc l'une des membres de l'équipe d'exploration, sous les ordres du major Sheppard.
Teyla est une experte du combat au corps à corps et dans le maniement du couteau. Elle connaît bien les Wraiths car son peuple en a souvent été victime : elle apporte ainsi à l'expédition des informations indispensables. De même, elle connaît de nombreuses planètes et sait où trouver ce qu'il manque aux Terriens.
Ronon Dex
Ronon Dex est un ancien militaire dont la planète a été dévastée par un assaut des Wraith : il s'est battu vaillamment pour défendre son monde mais il a finalement été capturé par ses ennemis. Alors que l'un d'eux voulait se nourrir de Ronon, quelque chose l'en a empêché et Dex a été la victime d'une sinistre expérience. En effet, les Wraith lui ont implanté un appareil de localisation dans le haut du dos et l'ont relaché pour en faire un Runner : depuis ce temps là (7 ans), Ronon était traqué par des Wraith qui faisaient ça pour le sport ou l'entrainement.
La situation a bien changé lorsque Ronon a croisé la route de Sheppard et de son équipe : après des débuts difficiles, Dex s'est finalement laisser convaincre de se faire ôter sa puce par Beckett afin de ne plus être chassé. Il a ensuite suivi les Terriens sur Atlantis pour finalement rejoindre l'équipe de Sheppard à la demande de ce dernier.